El Departamento de Física se creó el 24 de febrero de 1956 y formó parte, junto con otros ocho departamentos, de la estructura inicial de la Universidad Nacional del Sur. A pesar de su temprana creación, las actividades de investigación en Física no experimentaron un crecimiento sostenido hasta 1985, año en que se creó la carrera de Licenciatura en Física. El limitado desarrollo de las actividades de investigación y desarrollo se debió principalmente a la escasez de recursos humanos. Como indicador de esta situación, cabe mencionar que hacia fines de la década de 1980 el Departamento contaba con un único investigador perteneciente al Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET).
Durante esos años y a comienzos de la década de 1990, investigadores del Departamento de Física iniciaron una activa colaboración con grupos consolidados de los Departamentos de Química e Ingeniería Química, Biología, Bioquímica y Farmacia e Ingeniería. Estas interacciones dieron lugar a la creación de diversos grupos interdisciplinarios orientados principalmente al estudio de catálisis, polímeros, biofísica y oceanografía. Paralelamente, se establecieron colaboraciones con instituciones nacionales de referencia, entre ellas la Universidad Nacional de Córdoba, el Instituto Balseiro–Centro Atómico Bariloche (CNEA-UNCuyo), la Universidad Nacional de La Plata y la Universidad Nacional del Centro de la Provincia de Buenos Aires.
Como consecuencia de estas colaboraciones, los primeros egresados de la Licenciatura en Física realizaron sus estudios doctorales en dichos centros de excelencia y, a su regreso, impulsaron la formación de nuevos grupos de investigación, particularmente en las áreas de Física de Radiaciones, Física Atómica y Ciencia de Materiales.
En 1998 se creó el Programa de Posgrado en Ciencia y Tecnología de Materiales (PROMAT), integrado por las carreras de Maestría y Doctorado en Ciencia y Tecnología de Materiales y con la participación de cinco departamentos de la UNS. Este programa favoreció la formación de un importante número de docentes-investigadores cuyas tesis se desarrollaron en temáticas interdisciplinarias, contribuyendo a consolidar líneas de investigación transversales que actualmente constituyen áreas científicas estratégicas del Instituto.
En 2003, el Departamento de Física impulsó la creación del Doctorado en Física, que junto con el PROMAT permitió la formación de doctores en el ámbito de la Universidad Nacional del Sur, fortaleciendo las capacidades de investigación que posteriormente contribuirían a la creación del Instituto de Física del Sur.
El 5 de junio de 2008, la Universidad Nacional del Sur creó el Instituto de Física del Sur (IFISUR), estableciendo el ámbito institucional destinado al desarrollo y consolidación de las actividades de investigación que hasta entonces se llevaban a cabo en el Departamento de Física.
En sus comienzos, la mayor parte de las investigaciones del Instituto estuvo orientada a la física teórica y al modelado numérico. Con el objetivo de fortalecer la física experimental, se incorporaron investigadores especializados en materiales cerámicos y sólidos blandos en el marco del Proyecto de Recursos Humanos Altamente Calificados (PRH Nº 37/2007) de la Agencia Nacional de Promoción Científica y Tecnológica. Posteriormente, el área experimental se consolidó mediante el desarrollo de líneas de trabajo vinculadas con materiales catalíticos, espectroscopías XPS y Auger, vibraciones mecánicas y tribología.
Con el propósito de generar un contexto más favorable para su desarrollo institucional, los investigadores promovieron ante el CONICET la transformación del Instituto en una Unidad Ejecutora de doble dependencia CONICET–UNS. Esta iniciativa se formalizó el 6 de septiembre de 2010. Desde entonces, el IFISUR integra el Centro Científico Tecnológico CONICET Bahía Blanca y su funcionamiento se encuentra regulado por el convenio marco suscripto entre la Universidad Nacional del Sur y el CONICET.
Al momento de su incorporación como Unidad Ejecutora de doble dependencia, el IFISUR estaba integrado por 18 investigadores y 4 becarios del CONICET. En la actualidad, reúne a aproximadamente 110 integrantes, entre ellos 42 investigadores de la Carrera del Investigador Científico y Tecnológico, 40 becarios doctorales y posdoctorales del CONICET, 11 miembros de la Carrera del Personal de Apoyo, 2 agentes administrativos y otros 15 investigadores y profesionales pertenecientes a organismos nacionales y provinciales de ciencia y tecnología.
Sus integrantes desarrollan actividades de investigación en diversas líneas teóricas y experimentales, con un marcado perfil interdisciplinario. Entre las principales áreas de trabajo se destacan energía, materiales metálicos y cerámicos, nanotecnología, física atómica, física médica, física de superficies, biofísica, polímeros, vibraciones, medio ambiente, neurociencias y educación en ciencias naturales, entre otras.
Asimismo, el Instituto mantiene una intensa actividad de colaboración nacional e internacional con universidades y centros de investigación de reconocido prestigio, entre los que se encuentran el Max Planck Institute de Alemania, la Universidad Sapienza de Roma, el International Centre for Theoretical Physics (ICTP) de Trieste, las universidades de Texas, Princeton, Cornell y Harvard en Estados Unidos, la Universidad Complutense de Madrid, la Norwegian University of Life Sciences, el Instituto Andaluz de Ciencias de la Tierra y la Universidad de Liubliana, entre muchas otras instituciones.
Un hecho de singular relevancia en la historia reciente del Instituto fue la inundación que afectó a la ciudad de Bahía Blanca en marzo de 2025. Este evento impactó severamente las instalaciones del IFISUR y provocó la pérdida o destrucción de más de la mitad de su equipamiento científico. Frente a una adversidad de tal magnitud, la comunidad del Instituto respondió con un extraordinario espíritu de solidaridad, compromiso y resiliencia. Este esfuerzo colectivo permitió iniciar la recuperación de las capacidades científicas del Instituto y retomar gradualmente sus actividades de investigación, en un proceso de reconstrucción institucional que continúa desarrollándose en la actualidad con apoyo del CONICET y la UNS.